커크 선장 일행은 스팍이 죽기 전에 자신의 자아를 맥코이 박사에게 심어놓았다는 사실을 알게된다. 어디엔가 존재하는 스팍의 육신을 되찾기 위해 대원들은 제네시스 별로 향하고, 오랜 숙적인 클링곤과 대결을 벌이는데...